RESUMEN El Archipiélago de Juan Fernández, formado por tres islas: Robinson Crusoe, Santa Clara y Alejandro Selkirk, posee un elevado porcentaje de endemismo en relación con su superficie y ha sido declarado Parque Nacional de Chile, Reserva de la Biósfera y hotspot de biodiversidad mundial. La introducción de especies vegetales y animales exóticas e invasoras, así como la actividad humana, han generado pérdida de especies, poblaciones e individuos afectando la diversidad genética de sus especies endémicas. El objetivo del presente estudio ha sido delimitar unidades de conservación genética (UC), para la especie endémica Dysopsis hirsuta, dentro de su rango de distribución geográfico natural en la isla Robinson Crusoe. Para ello se analizaron parámetros de la diversidad y estructura genética obtenidos con marcadores moleculares AFLP (208 individuos) y SNPs (113 individuos) para 9 poblaciones. Los resultados permitieron delimitar tres unidades de conservación genética, compuestas por sus poblaciones en Mirador Selkirk-Plazoleta El Yunque, Salsipuedes y Rebaje la Piña, Vaquería y Puerto Inglés. Esta delimitación facilitará la elaboración de estrategias para la conservación genética de la especie ya que separa las singularidades genéticas que comparten distintos grupos de poblaciones. Se sugiere implementar conservación adicional en estas tres unidades, mediante herramientas como la conservación de sus semillas, adicionalmente se propone establecer planes de manejo para La Campana con el fin de incrementar los niveles de variación genética e implementar un monitoreo especial en la población de Salsipuedes, debido a los patrones singulares observados en ella.